電池系統燃料電池工作方式與內燃機類似。要保持燃料電池連續輸出電能。必須連續地將燃料和氧化劑送人電池堆。并連續或間斷地將反應氣中的雜質(如氮)排出電池組。即需要反應氣供給與尾氣排放分系統。氫氧燃料電池內的電化學反應要生成水。為了維持電池的連續運行。必須以與電池堆內生成水相等的速度將產物水排出電池。
       對宇航應用。產物水最好能為宇航員提供飲用水。因此需要有水排出．凈化與回收分系統。燃料電池的能量轉化效率一般在50％～70％之間。因此當電池工作時。要產生50％～30％的廢熱。為了維持電池工作溫度的恒定。需要有排熱分系統。一般用戶均要求當負載變化時電池工作電壓能穩定在一定區間。如28V±2V。而有時用戶還需要交流電力。因此電池系統還應包括電壓調整和直流一交流變換分系統。另外。燃料電池需全自動運行。所以需有控制分系統。它由各種傳感元件．執行元件和各種閥件和依據啟動．運行．停車程序而設計的軟件構成。